1949年春，政府将阜阳县立中学、省立第四中学、颍州女中联合组建为有初、高中十八个教学班的“阜阳联合中学”。

1951年春，联合中学又易名为“阜阳中学”。之后分解为高中部和初中部。高中部成为阜阳第一中学;初中部则在原址不动，更名为“安徽省阜阳第一初级中学”，班级扩大为十八个教学班。

1958年再次开始招收高中班，学校又一次被政府更名为“阜阳三中”。

1975年，学校被正式命名为“阜阳市第三中学”。

1979年被确定为首批阜阳地区重点中学。

1996年元月，学校上划到行政区划调整后的地级阜阳市，成为阜阳市直属中学。

“国家级现代教育技术实验学校”

“全国青少年读书活动先进单位”

“安徽省电教设施一类达标学校”

“安徽省新课程改革实验学校”

“安徽省宣传系统先进单位”

“阜阳市爱国主义教育示范学校”

“阜阳市研究性学习实验学校”

“阜阳市教育综合评比先进学校”等荣誉称号。

2011年

2011年阜阳三中在生源不公平的情况下，挑战极限，高考文理科均创佳绩，续写神话，再攀新高。一本达线452 人，本科达线1762人，600分以上35人。其中应届一本达线312人，达线率25.4%;应届本科达线1014人，达线率82.5%;应届文科本科率为80.7%(合肥一中为66.06%，2011年6月25日《新安晚报》发布)，比2010年增长17.1个百分点;应届理科本科率为83.6%，(合肥一中为83.51%，2011年6月25日《新安晚报》发布)，比2010年增长10.4个百分点。颍州区文科前10名均为我校学生;理科前10名我校占7人，其中的一、二名均为我校学生。珍珠班报考48人，一本人数36人，比率75%，本科升学率100%;华联班报考51人，一本29人，比率56.9%，本科升学率100%。我校学生董雅婧同学以632分的优异成绩，位居全省第21名，全市第三名，阜城第一名。我校文科优势继续保持，理科升学率飞速提高，实现了应届本科升学率“全市领先”的办学目标。

2012年

2012年高考中，该校本科达线2015人，145人高考分数突破600分。其中，应届本科达线1066人，达线率达90.8%。据介绍，阜阳三中在缺少高分生源的情况下，文理科均创佳绩，再攀新高。一本达线668人，本科达线2015人，600分以上145人，创历史新高。值得关注的是，有115名应届生分数达600分以上，首次突破百人大关;443名应届生分数达到一本线，达线率40.3%。

2013年

2013年高考应届文理科又创佳绩，再攀新高。阜阳三中文科考生李昂同学以634分居全省第18名的优异成绩被北京大学预约录取。阜阳三中2013应届报考人数1494人，其中一本达线643人，一本达线率为43.1%;本科达线1408人，本科达线率为94.2%，本科达线率连续两年位居全市第一。2013届有2人被中国科技大学少年班录取，有两位同学因获得奥林匹克学科竞赛一等奖被保送到武汉大学和华中科技大学，标志着我校理科教学已进入全省一流行列。阜阳三中有32人在全国重点院校自主招生中获加分资格，人数居全市第一。2013年阜阳三中珍珠班的重点率为98%，二本率为100%。

2014年

2014年阜阳三中在缺少拔尖生源的情况下，以先进的新课改理念、务实的管理，继2013年高考达到高升学率后，再创辉煌。 2014应届报考人数1223人，本科达线1131人，达线率92.5%，连续三年居全市第一;一本达线531人，达线率43.4%，连续三年超40%. 邢正同学以文科633分，全省40名的成绩居阜城第一。阜阳三中全省文理科前100名共3人，全市文科前十名占2人(邢正633分;冷振632分，全省50名)。600分以上28人，较2013年有大幅提升。 2014届考生在全国一类名校自主招生中，22人获加分资格(全市共75人)，人数居全市第一。 2014届珍珠班一本升学率100%，清颍班一本升学率100%.